Підвищення кваліфікації у сфері eDNA: співробітниця Інституту рибного господарства НААН взяла участь у міжнародному онлайн-інтенсиві від Physalia-courses

З 19 по 21 жовтня 2026 року старша наукова співробітниця відділу молекулярно-генетичних досліджень Інституту рибного господарства НААН Олена Бєлікова взяла участь у міжнародному практичному онлайн-інтенсиві «eDNA metabarcoding using Nanopore sequencing» (організатор Physalia-courses).

Участь у цій міжнародній навчальній програмі стала можливою завдяки перемозі у конкурсі персональних грантів (microgrant) від організації The eDNA Collaborative.

Програма курсу та ключові напрями навчання

Інтенсив під керівництвом провідного фахівця з молекулярної екології Др. Пітера Шама (Dr Peter Shum, Liverpool John Moores University) був присвячений повному циклу досліджень навколишнього середовища за допомогою аналізу екологічної ДНК (eDNA) із застосуванням портативних технологій секвенування Oxford Nanopore.

Програма курсу охоплювала три ключові блоки:

• Молекулярно-генетичні та лабораторні протоколи: оптимізація польового відбору проб, контролі контамінації, сучасні методи екстракції та концентрування ДНК із водного середовища (магнітні кульки, силікагелеві колонки), розробка специфічних ПЛР-маркерів, використання блокуючих праймерів, подолання інгібування та підготовка мультиплексних ампліконних бібліотек.

• Біоінформатична обробка даних Nanopore: робота з первинними файлами секвенування, бейсКолінг (basecalling), демультиплексування, фільтрація за якістю, корекція помилок, кластеризація та таксономічна ідентифікація послідовностей (MOTU/OTU).

• Аналіз біорізноманіття та статистична обробка у середовищі R: моделювання угруповань гідробіонтів, розрахунок показників альфа- та бета-різноманітності, ординаційні методи та інтерпретація результатів для екологічного моніторингу.

Значення для досліджень Інституту рибного господарства НААН

Застосування методів аналізу екологічної ДНК (eDNA) у поєднанні з технологією секвенування Oxford Nanopore відкриває нові горизонти для вітчизняної гідроекології та рибогосподарської науки. Отримані під час навчання знання та практичні навички будуть імплементовані в роботу відділу молекулярно-генетичних досліджень для виконання таких завдань:

• Неінвазивний моніторинг біорізноманіття: оцінка стану популяцій риб та водних макробезхребетних у природних і штучних водоймах без необхідності вилову організмів.

• Раннє виявлення чужорідних видів: оперативний моніторинг поширення інвазивних видів гідробіонтів у річкових басейнах України.

• Оцінка рідкісних та зникаючих видів: детекція присутності аборигенних видів (зокрема осетрових, лососевих тощо) у природних оселищах за пробами води.

• Оптимізація власних біоінформатичних пайплайнів: підвищення точності та швидкості обробки даних секвенування, отриманих на наявному в інституті обладнанні Nanopore.

Участь у подібних міжнародних школах сприяє інтеграції науковців Інституту рибного господарства НААН до світової дослідницької спільноти, підвищує методичний рівень вітчизняних гідроекологічних досліджень та створює підґрунтя для реалізації спільних міжнародних грантових проєктів.

Олена Бєлікова висловлює щиру подяку організаціям The eDNA Collaborative та Physalia-courses за надану грантову підтримку та високий рівень організації навчання!